Vücudun bağışıklık sisteminin kendi tiroid bezine saldırması sonucu tiroid salgı bezinde iltihabi reaksiyona (enflamasyon) yol açan, kronik oto-immün hastalıktır. Metabolizmayı düzenleyen tiroid bezini etkileyerek, tiroid yetersizliğinin (hipotiroidi) en yakın nedenidir.
Normalde bağışıklık sistemi vücudu bakteri ve virüslere karşı korumaktadır. Haşimoto Tiroiditi'nde ise immün sistem hata yapar ve tiroid salgı bezini "yabancı bir organ" gibi görür ve tiroid bezine saldıran antikor üretimine başlar.
Bu antikorlara Anti-TPO ve Anti-Tg denir. Antikorların etkisiyle tiroid salgı bezinde kronik enflamasyon başlar. Zamanla tiroid dokusu tahrip olur ve bez, vücudun ihtiyacı olan T3 ve T4 tiroid hormonlarını yeterli şekilde üretemez duruma gelir. Buna Hipotiroidi denir.